Ίδιο το σύστημα διεξαγωγής του Πρωταθλήματος Νέων U-21 Α’ Κατηγορίας και την αγωνιστική περίοδο 2016 – 2017.
Το Πρωτάθλημα θα διεξαχθεί σε δύο γύρους και με την ολοκλήρωση του οι τρεις τελευταίες ομάδες της κατάταξης θα υποβιβαστούν και τις θέσεις τους θα πάρουν οι τρεις πρώτες ομάδες της τελικής βαθμολογίας του Πρωταθλήματος Νέων Β’ Κατηγορίας.
Με αυτό τον τρόπο οι ομάδες που θα λάβουν μέρος στα Πρωταθλήματα Νέων U-21 θα υποβιβάζονται και θα ανεβαίνουν Κατηγορία με βάση τη βαθμολογική τους θέση και όχι με βάση το βαθμολογικό απολογισμό των ομάδων τους στα Πρωταθλήματα ανδρών.
Όπως αναφέρεται και στην Προκήρυξη που παρέλαβαν τα Σωματεία από την ΚΟΠ, ως κύρια ημέρα διεξαγωγής των αγώνων ορίζεται η Κυριακή με δευτερεύουσα ημέρα το Σάββατο.
